Seebergen soll erstmals 1220 urkundlich erwähnt worden sein, Belege hierfür gibt es bislang allerdings nicht.

Der auf dem Grieshög liegende Grabhügel wurde bereits in der Jungsteinzeit angelegt. Das dort gefundene Grab ist eine Nachbestattung der Hallstattzeit. Es wurden Bronzeschmuckgegenstände, Wendelringe und Bernsteinperlen geborgen. Seebergen bildete ein Vogteiamt, das als Enklave im Herzogtum Sachsen-Gotha zur Unterherrschaft des Fürstentums Schwarzburg-Rudolstadt gehörte. 1825 trat das Fürstentum Schwarzburg-Rudolstadt die Exklave Amt Seebergen an das Herzogtum Sachsen-Gotha-Altenburg ab, wodurch es nach 1858 zum Landratsamt Gotha im Herzogtum Sachsen-Coburg und Gotha gehörte.

Seebergen war 1668–1669 von Hexenverfolgung betroffen. Die Hebamme Orthe Hüllemann geriet wegen angeblichen Haltens eines Drachen in einen Hexenprozess. Sie wurde viermal gefoltert, widerrief immer wieder das Geständnis, wurde dreimal zum Feuertod verurteilt, nochmal gefoltert, schließlich mit Landesverweis bestraft.

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Seebergen liegt am östlichen Fuß des weithin bekannten und als Ausflugs- und Wanderziel beliebten Naturschutzgebietes Seeberg, dessen höchste Erhebung, der Große Seeberg, sich in nur 500 m (horizontaler) Entfernung von etwa 290 m Höhe auf 409,2 m ü. NN Höhe erhebt. Im Norden, Osten und Süden erstreckt sich das flachhügelige Gelände des Thüringer Beckens. Außer dem bewaldeten Seeberg verfügt die Seebergener Gemarkung über keine Waldflächen.

Abfallentsorgungstermine 2025 OT Seebergen